Les Koalas ont sans doute, tout d’abord, évolué sur le continent australien pendant la période où l’Australie commençait à dériver lentement vers le nord, et peu à peu se séparer de la masse terrestre qu’est l’Antarctique, il y a quelques 45 millions d’années. Des restes de fossiles de Koalas ont été retrouvés datant de 25 millions d’années.
Comme le climat en Australie a changé et est devenu plus sec, la végétation s’est transformée jusqu’à donner aujourd'hui ce que les arbres que l'on connaît tels que les arbres d’eucalyptus, ou gommiers, et sont devenus indipensables à l'alimentation des Koalas.
On pense que les aborigènes sont arrivés en Australie il y a 60 000 ans ou plus. Les Koalas, comme tous les animaux australiens, ont été une partie importante de la culture aborigène qui fut mis en avant dans nombreux de leurs mythes et légendes.
Ils étaient une source facile et accessible de nourriture, mais la population des Koalas est restée abondante sur leur territoire avant l’arrivée des européens avec la "Première Flotte" en 1788.
John Price a été le premier européen à répertorier les Koalas. Il les a décrits dans le récit d’un de ses voyages dans les Blue Mountains près de Sydney en 1798. Le nom scientifique qui leur a été donné est phascolarctos cinereus, qui signifie « ours à poche gris cendré » en 1816. Par la suite, il a été découvert que le Koala n’était pas du tout un ours, mais membre d’un groupe spécifique de mammifères appelés « marsupiaux », qui donnent naissance à des petits immatures et les transportent dans une poche. Aujourd’hui, la plupart des marsupiaux se trouvent en Australie et en Papouasie-Nouvelle-Guinée.
Le nom de « Koala » a été choisi pour signifier « pas de boisson » dans la langue aborigène, même s’il y a beaucoup de langues parlées à travers le pays. Le nom du Koala apparaît sous diverses formes dans les comptes-rendus écrits des premiers colons comme cullewine, koolewong, colo, colah, koolah, kaola, koala, karbor, boorabee et goribun.
Avec la progression de la nouvelle colonisation, le défrichage des forêts pour les terres agricoles a commencé, et avec elle le début de la perte de l’habitat des animaux indigènes. Les colons européens ont identifié le Koala comme une ressource intéréssante pour le commerce de la fourrure et jusqu’en 1930 des millions de Koalas ont été abattus pour leur fourrure.
En 1924, les Koalas avaient disparu dans l’état de South Australia, sérieuseement décimés dans le New South Wales et les estimations des chiffres de l’état du Victoria étaient en dessous de 500 animaux. A cette période, l'engouement pour le commerce de fourrure se déplaça envahit le nord du Queensland. En 1919, le gouvernement du Queensland a annoncé l’ouverture d’une saison de chasse des Koalas de six mois, et durant cette période seulement, un million de Koalas ont été tué. Bien que cette saison ait été officiellement fermée jusqu’en 1927, quand la saison a ré-ouverte, plus de 800 000 Koalas ont été abattus en un peu plus d’un mois. L’indignation publique sur l’abattage a forcé tous les gouvernements à déclarer le Koala comme « espèce protégée » vers la fin des années 30. Toutefois, aucune de ces lois ont amenés à protéger les arbres de gomme sur lesquels les Koalas comptent pour trouver leur nourriture et un abri. Hormis certaines lois récemment mises en place dans le New South Wales, cela reste le cas sur tout le territoire du Koala.